1998年，吴彦祖接拍第一部电影《美少年之恋》，由杨凡导演一部同性恋电影。2004年，与成龙主演了《新警察故事》，并获得了金马奖演员类奖项“第41届金马奖最佳男配角”。2007年凭电影《四大天王》，于第26届香港电影金像奖中夺得新晋导演奖。吴彦祖外表斯文，但不是一个文弱书生，从小习武的他在演艺道路中愿意去尝试磨练，不轻易被定型让观众对他保持一定的新鲜感。
1998年，吴彦祖接拍第一部电影《美少年之恋》，由杨凡导演一部同性恋电影。
1999年，吴彦祖主演的电影《紫雨风暴》，荣获第19届香港电影金像奖最佳女配角，第19届香港电影金像奖最佳摄影，第19届香港电影金像奖最佳剪接。
2004年，成龙拍摄《新警察故事》找到吴彦祖，作为第三男主角。并获得第41届台湾电影金马奖最佳男配角，第25届中国电影金鸡奖最佳男配角提名，第24届香港电影金像奖最佳男配角提名 。
2007年，电影《四大天王》，于第26届香港电影金像奖中夺得新晋导演奖。
2009年，由麦兆辉及庄文强编剧及导演的电影《窃听风云》，在该片里首次与刘青云演对手戏。
2012年，导演陆川的新作《王的盛宴》西楚霸王项羽一角将由吴彦祖担纲。
2013年，吴彦祖、冯德伦监制的年度犯罪动作大片电影《控制》定于11月21日上映。
2014年5月29日，再次出演《窃听风云3》与古天乐、刘青云、周迅合作。
2014年6月18日，因母亲患上重病，吴彦祖决定暂停所有娱乐圈工作。解散经纪公司Revolution Talent Management Ltd(星革盟有限公司)。
