1991年，主演了张艺谋集大成之作《大红灯笼高高挂》，影片摘得第48届威尼斯国际电影节银狮奖，成为张巩在海外知名的作品之一。并凭此片获得第16届大众电影百花奖最佳女主角，同时提名意大利电影大卫奖最佳女主角和美国国家影评人协会奖最佳女主角。

1992年，她在90年代的代表作——《秋菊打官司》一举摘得第49届威尼斯国际电影节最高奖——金狮奖，并包揽金鸡奖与百花奖最佳影片。巩俐饰演的秋菊不仅使她荣膺金鸡奖影后和日本影评人协会奖影后的荣誉，并且在第49届威尼斯国际电影节上获得最佳女演员奖。

1993年，与陈凯歌导演合作，主演《霸王别姬》，影片获得第46届戛纳国际电影节最高奖——金棕榈奖，该片还获得英国电影学院奖最佳外语片奖、金球奖最佳外语片奖等多项国际大奖，并提名了1994年的奥斯卡最佳外语片。凭借角色菊仙，巩俐获得纽约影评人协会奖最佳女配角奖，并上榜2004年美国《首映》杂志。

1994年，与张艺谋合作影片《活着》。该片获得第47届戛纳国际电影节评委会大奖、英国电影学院奖最佳外语片奖等国际大奖。同年，在第四代才女导演黄蜀芹的电影《画魂》中饰演中国女画家潘玉良，影片入选戛纳国际电影节展映。

1995年，主演长达八年恋情的分手之作《摇啊摇，摇到外婆桥》，并演唱了全片所有曲目，本片获得戛纳国际电影节及美国金球奖最佳摄影、美国国家影评人协会奖最佳外语片奖等奖项，并提名了金球奖最佳外语片，巩俐应邀出席了那一年的金球奖颁奖典礼。

1996年，巩俐与陈凯歌、张国荣再次合作电影《风月》，入围戛纳国际电影节的主竞赛单元。凭借《风月》中的如意一角，巩俐第二次提名了香港电影金像奖最佳女主角。

1997年，巩俐主演了美籍华人导演王颖的《中国匣》；同年入围威尼斯国际电影节主竞赛单元，并获得最佳配乐奖；受邀担任第50届戛纳国际电影节主竞赛单元评委，成为担任戛纳电影节主单元评委的华人之一。 

1999年，巩俐与陈凯歌第三次合作，主演了史诗鸿篇《荆轲刺秦王》，该片入围了戛纳国际电影节的主竞赛单元，并获得最佳技术大奖。在此期间，巩俐还拍摄了不少香港娱乐片，如《古今大战秦俑情》《天龙八部之天山童姥》《唐伯虎点秋香》《西楚霸王》等

2000年，担任第50届柏林国际电影节主席。

2002年，受邀担任第59届威尼斯国际电影节主席。

2002年，在孙周导演的《周渔的火车》中饰演文艺女青年周渔一角，该片先后在柏林、多伦多电影节参展，凭此片巩俐获得北京大学生电影节最受欢迎女演员奖。

2003年，出任第16届东京国际电影节主席。成为在欧洲三大国际电影节上担任评委会主席一职的华人

2000年~2003年，与同为第五代的孙周导演合作了两部电影。但在蒙特利尔国际电影节上，巩俐得到了她的第二个国际A类电影节影后，并被授予艺术成就大奖，成为两度获得国际A类电影节影后的华语演员，两年内荣膺金鸡奖、百花奖双料影后，成为金鸡百花奖获奖最多的女演员之一，并获得上海影评人协会奖最佳女主角。

2004年，与王家卫合作了《2046》与《爱神》，两部影片分别在戛纳和威尼斯电影节参赛和参展。其中《爱神》是世界三位著名导演米开朗基罗·安东尼奥尼、斯蒂文·索德伯格、王家卫联合执导的影片，也是王家卫和索德伯格向安东尼奥尼的致敬之作。同年戛纳电影节，巩俐被授予纪念大奖.

2005年至2007年间，出演了4部电影（3部英语片和1部华语片），开始踏上好莱坞的征程。

2005年，巩俐接拍的作为她好莱坞的处女秀作品《艺伎回忆录》，获得美国《时代周刊》“年度十大佳片”第九名，第78届奥斯卡金像奖最佳艺术指导、最佳摄影、最佳服装设计等三项大奖。巩俐也获得了第39届美国国家评论协会奖最佳女配角、美国《首映》杂志2005年度“演技最佳24强”最佳女配角第三名[等奖项。

2006年，一共有三部大片在全球范围内上映。同年，与张艺谋再次携手，与周润发、周杰伦合作的《满城尽带黄金甲》被美国《时代》周刊评选为2006年全球十大最佳电影，获得美国影评人协会年度最佳外语片第二名、美国第33届土星奖最佳服装设计奖等奖项。影片上映之后，巩俐获得第26届香港电影金像奖最佳女主角、第12届香港电影金紫荆奖最佳女主角、第13届香港电影评论学会奖最佳女主角、美国《时代》评选的“年度最伟大表演”第7名、《华盛顿邮报》评选的世界5位最佳电影表演者第二名等众多奖项。

2006年，在迈克尔·曼中的商业电影《迈阿密风云》中一位古巴女毒枭与奥斯卡影帝和好莱坞一线男星有着精彩对手戏。同年，成功登上《时代周刊》封面。

2007年又在《少年汉尼拔》扮演汉尼拔的婶婶。